從前,有個神秘男孩使用不可思議的妖怪手錶作戰,然而這名男孩始終會成長為大人,並且漸漸失去看見妖怪的能力。而完成使命的手錶也因此被遺忘在時間的洪流裡。
三十年後,原本和平安詳的日常卻遭受突如其來的彗星威脅,妖怪病毒趁機肆虐使人類感染「惡意」,病毒也因此而無限增殖擴散。全新的妖怪手錶將會找出被選召的孩子,與他一同展開全新冒險,重拾人類與妖怪的友情與羈絆。
在這次的作品中,各位熟悉的妖怪吉胖喵等腳色將會擁有光明面與暗影面,此外在妖怪世界中活躍的鬼太郎也將登場,協助景太的女兒一同抵抗復活的邪惡鬼王!