有著大棵萬葉櫻的本丸,正處於白雪覆蓋之際──。
刀劍男士大和守安定和加州清光聊起往事。當時有把刀接到時之政府的指令,被派遣到他們這個本丸,刀名叫“山姥切長義”。
山姥切長義對自己的仿作“山姥切國廣”持挑釁態度,清光察覺兩人的心結,一心想要幫助夥伴;大和守看出清光的堅強意志,於是向他提議。
另一方面,本丸接到來電,特命去調查“歷史被改變,被放棄的世界”。目的地是幕府末期,文久三年的土佐。陸奧守吉行擔任隊長,五名刀劍男士前往歷史被改變的土佐,和先行前往調查的肥前忠廣和南海太郎朝尊會合,討伐改變歷史的主謀。